為了獲得適合大規(guī)模工業(yè)生產(chǎn)所需的優(yōu)良生產(chǎn)菌種，一般首先是從自然界分離篩選具有產(chǎn)生目標產(chǎn)物能力的菌種，但這樣獲得的菌種的生產(chǎn)能力往往較低，生理生化特性不一定能滿足生產(chǎn)要求，還需要進行大量的誘變選育，進一步提高其生產(chǎn)能力，改善性能；也可以對現(xiàn)有的生產(chǎn)菌種進行改造，即經(jīng)誘變育種，選育出符合實際生產(chǎn)需要的菌株。

自然界中微生物資源異常豐富，土壤、水、空氣、腐敗的動植物殘骸，都是微生物的主要集居和生長繁衍的場所。其種類之多，至今仍然是一個難于估測的未知數(shù)。以其集居環(huán)境（包括特殊和極端環(huán)境）、營養(yǎng)類型、生存方式、生理類型、代謝途徑、合成能力等比較，均居生物界之冠。因此，微生物資源的開發(fā)和應用是當今世界矚目的重大課題。

菌種的分離，不僅是把混雜的各類微生物有效地分開，得到純種，更重要的是依著生產(chǎn)實際的要求，有的放矢、快速、準確地將能產(chǎn)生所需產(chǎn)物，或具有某種生化反應性能的菌種，從大量的微生物中挑選出來。有時是設計一種在分離階段便能識別所需菌種的方法，更多的是利用特定的方法分離，獲得所需菌種后，再進行識別。為了使獲得的菌種能滿足工業(yè)生產(chǎn)的需要，須考慮各種性能指標。因此，菌種分離和篩選的方法和策略就十分重要。

一般的菌種分離純化和篩選步驟可分為采樣、增殖與分離、發(fā)酵與性能測定等幾個步驟。